I più antichi indizi della presenza umana a Cozumel datano del periodo Tardo Pre-Classico (300 a.C.-300 d.C.), e a partire da allora, l’isola ebbe un crescente numero di abitanti, però il suo periodo di auge fu il Post-Classico, dal 1200 al 1600, quando la popolazione arrivò alla sua massima densità e numerosi villaggi erano collegati da una rete di strade di pietra.